El Puerto de Mataró ha recibido dos certificados que reconocen el desempeño de los requisitos en materia de gestión ambiental. Los certificados, otorgados por la empresa certificadora AENOR, son la EMAS y la Norma ISO 14001. El EMAS lo aplican de forma voluntarias las empresas y organizaciones para evaluar y mejorar el comportamiento ambiental y comprobar que cumple con los requisitos fijados por la Unión Europea. Por otro lado, la Norma ISO 14001 tiene carácter internacional y permite implantar políticas y objetivos que tengan en cuenta los requisitos legales para aplicar un sistema de gestión ambiental.